Проект «Экологические дни в музее». Цикл образовательных программ, которые проводятся в соответствии с экологическими днями (последняя неделя сентября посвящена Всемирному дню моря).

Лекторий «Естественная история Сахалина и Курильских островов». Научно-просветительную лекцию «Особенности жизненной стратегии дальневосточных промысловых крабоидов» читает кандидат биологических наук Низяев Сергей Александрович, заместитель начальника отдела прогнозирования ФБГНУ «СахНИРО». Лекторий «Естественная история Сахалина и Курильских островов» работает в музее с 2003 года, в нем принимают участие ученые музея и других научно-исследовательских учреждений Сахалинской области. Основная аудитория — взрослые, студенческая молодежь, учащиеся старшего школьного возраста.

Кружок «Юный краевед». Образовательная программа для детей дошкольного и младшего школьного возраста, включающая экскурсии, лекции, игры, занятия, викторины. Цель программы — приобщение детей к культурным ценностям в игровой форме, развитие эстетических чувств и интереса к музею и родному краю.

«Субботний киносеанс в музее». Показ документальных фильмов на краеведческие темы в рамках программы выходного дня. По входным билетам в музей, без дополнительной оплаты за демонстрацию фильма.